Anàlisi d’aigua i SARS-CoV-2
Monitoratge i prevalença de les variants de SARS-CoV-2 presents en l'aigua residual de València
El marc del projecte d'I+D+i Atalaya va posar a prova la capacitat del nostre Laboratori de GO servicios (àrees de seqüenciació i SARS) i I+D+i per a transformar l'anàlisi d'aigües residuals en una ferramenta vital de vigilància epidemiològica.
La seqüenciació del genoma complet del virus en el clavegueram de València ha permés monitorar les variants circulants, demostrant que l'aigua residual és un espill fidel de l'estat de salut de tota una població.
El repte: veure l'invisible davant el descens de dades clíniques.
Amb la disminució progressiva de la disponibilitat de dades genòmiques de mostres clíniques —les quals, a més, solen limitar-se a individus amb simptomatologia greu—, va sorgir un important buit d'informació. El nostre desafiament principal era obtindre una fotografia real i completa de la situació epidemiològica que incloguera l'avanç de les variants en pacients asimptomàtics, els qui escapen als cribratges clínics tradicionals, però continuen sent vectors de transmissió.
La solució
És un treball interdisciplinari de quantificació del virus en mostres d'aigües residuals mitjançant PCR a temps real i la seqüenciació de les diferents variants circulants en la mostra, així com la utilització d'un algorisme bioinformàtic. Esta metodologia la validem amb la presentació del pòster "Monitoratge i prevalença de les variants de SARS-CoV-2 presents en l'aigua residual de València" en la X Jornada de Bioinformàtica i Genòmica. La clau de l'èxit va radicar a combinar tècniques de laboratori amb anàlisi de dades avançat per a transformar mostres d'aigua en informació sanitària útil.
Tecnologia aplicada: PCR, seqüenciació i bioinformàtica
- Quantificació i Seqüenciació: Utilitzem PCR a temps real per a quantificar la càrrega viral i tècniques de seqüenciació per a identificar les diferents variants circulants en la mostra.
- Algorisme Bioinformàtic: Implementem un algorisme específic per a analitzar els resultats bruts de la seqüenciació, permetent desglossar la complexitat de les variants presents en l'aigua residual.
Estes ferramentes no sols van reforçar la vigilància epidemiològica actual, sinó que van servir d'avantsala per a futurs projectes de qualitat de l'aigua.
Resultats i conclusió
- Fotografia epidemiològica completa: Capacitat de detectar variants en la població general, incloent-hi els individus asimptomàtics.
- Suport a autoritats sanitàries: Aportació de dades objectives per a facilitar la presa de decisions en l'abordatge de la pandèmia.
- Avanç científic: Augment del coneixement disponible sobre les variants circulants, compartit amb la comunitat científica (Societat Catalana de Biologia).
- Versatilitat analítica: Consolidació d'una tècnica aplicable a altres virus, bacteris, protozous i resistències a antibiòtics.
Este treball demostra com la col·laboració interdisciplinària genera beneficis directes tant per a la gestió sanitària com per a la comunitat científica. La ferramenta de vigilància que desenrotllem confirma que la seqüenciació aplicada a l'aigua residual és essencial per a conéixer l'estat de salut de la població, permetent hui monitorar el SARS-CoV-2 i, en el futur, avaluar la qualitat de les aigües enfront de nous reptes biològics.
Infografia
Resum gràfic dels resultats de l’estudi.
|
Grandària : 1,5MB