Análisis de agua y SARS-CoV-2
Monitorización y prevalencia de las variantes de SARS-CoV-2 presentes en el agua residual de Valencia.
El marco del proyecto de I+D+i Atalaya puso a prueba la capacidad de nuestro Laboratorio de GO servicios (áreas de secuenciación y SARS) e I+D+i Servicios para transformar el análisis de aguas residuales en una herramienta vital de vigilancia epidemiológica.
La secuenciación del genoma completo del virus en el alcantarillado de Valencia ha permitido monitorizar las variantes circulantes, demostrando que el agua residual es un espejo fiel del estado de salud de toda una población.
El reto: ver lo invisible ante el descenso de datos clínicos.
Con la disminución progresiva de la disponibilidad de datos genómicos de muestras clínicas —las cuales, además, suelen limitarse a individuos con sintomatología grave—, surgió un importante vacío de información. Nuestro desafío principal era obtener una fotografía real y completa de la situación epidemiológica que incluyera el avance de las variantes en pacientes asintomáticos, quienes escapan a los cribados clínicos tradicionales, pero siguen siendo vectores de transmisión.
La solución
Es un trabajo interdisciplinar de cuantificación del virus en muestras de aguas residuales mediante PCR a tiempo real y la secuenciación de las diferentes variantes circulantes en la muestra, así como la utilización de un algoritmo bioinformático. Esta metodología la validamos con la presentación del póster "Monitorización y prevalencia de las variantes de SARS-CoV-2 presentes en el agua residual de Valencia" en la X Jornada de Bioinformática y Genómica. La clave del éxito radicó en combinar técnicas de laboratorio con análisis de datos avanzado para transformar muestras de agua en información sanitaria útil.
Tecnología aplicada: PCR, secuenciación y bioinformática
- Cuantificación y Secuenciación: Utilizamos PCR a tiempo real para cuantificar la carga viral y técnicas de secuenciación para identificar las diferentes variantes circulantes en la muestra.
- Algoritmo Bioinformático: Implementamos un algoritmo específico para analizar los resultados brutos de la secuenciación, permitiendo desglosar la complejidad de las variantes presentes en el agua residual.
Estas herramientas no solo reforzaron la vigilancia epidemiológica actual, sino que sirvieron de antesala para futuros proyectos de calidad del agua.
Resultados y conclusión
- Fotografía epidemiológica completa: Capacidad de detectar variantes en la población general, incluyendo a los individuos asintomáticos.
- Apoyo a autoridades sanitarias: Aportación de datos objetivos para facilitar la toma de decisiones en el abordaje de la pandemia.
- Avance científico: Aumento del conocimiento disponible sobre las variantes circulantes, compartido con la comunidad científica (Sociedad Catalana de Biología).
- Versatilidad analítica: Consolidación de una técnica aplicable a otros virus, bacterias, protozoos y resistencias a antibióticos.
Este trabajo demuestra cómo la colaboración interdisciplinar genera beneficios directos tanto para la gestión sanitaria como para la comunidad científica. La herramienta de vigilancia que desarrollamos confirma que la secuenciación aplicada al agua residual es esencial para conocer el estado de salud de la población, permitiendo hoy monitorizar el SARS-CoV-2 y, en el futuro, evaluar la calidad de las aguas frente a nuevos retos biológicos.
Infografía
Resumen gráfico de los resultados del estudio.
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